Le chakra est le mélange de l'énergie physique présente dans chaque cellule d'un corps -inné-, et de l'énergie spirituelle provenant de l'exercice et de l'expérience -acquis-. Une fois malaxé, il circule dans le système circulation du chakra, les méridiens, jusqu'à chacune des 361 cavités ( les Tenketsu ), ou orifices à chakra, du corps. Ce sont les organes vitaux qui sont les réceptacles du chakra, autour d'eux s'enchevêtrent les méridiens.

Le chakra peut se matérialiser de différentes formes. Par exemple, il peut se mettre en boule sur la main pour la technique du «Rasengan». Il peut également être visible à l'oeil nu et fait office d'aura autour du ninja. Son chakra est généralement de couleur bleu, néanmoins, nous pouvons trouver quelques exeptions :                                                                                        • Un ninja exerçant des jutsus médicaux utilisera un chakra de couleur verte.                          • Un démon tel que Kyubi utilisera un chakra de couleur rouge.                                                  • Un ninja ayant le sceau maudit d'Orochimaru possède un chakra violet.

Notons également qu'il existe deux types de Chakra, l'énergie corporelle, et l'énergie spirituelle : L'énergie corporelle est produite par toutes les cellules du corps, tandis que l'énergie spirituelle est acquise grâce à l'entraînement et l'expérience. Afin de réaliser un Jutsu, il faut donc combiner les deux types de Chakra et l'expulser par le biais de mouvements spécifiques.